ศูนย์เทคโนโลยีทางการศึกษา แบ่งส่วนงานภายในออกเป็น 7 ส่วน 1 กลุ่มงาน ดังนี้

 1. ส่วนอำนวยการ

- ฝ่ายบริหารงานทั่วไป
- ฝ่ายการเงินและบัญชี
- ฝ่ายบริหารงานพัสดุ

2. สถานีวิทยุโทรทัศน์เพื่อการศึกษา

- กลุ่มงานผลิตรายการโทรทัศน์เพื่อการศึกษาตามอัธยาศัย
- กลุ่มงานผลิตรายการโทรทัศน์เพื่อการศึกษาตามหลักสูตร
- กลุ่มงานจัดรายการและออกอากาศโทรทัศน์

3. สถานีวิทยุกระจายเสียงเพื่อการศึกษา
- กลุ่มงานผลิตรายการวิทยุ
- กลุ่มงานจัดรายการและออกอากาศวิทยุ

4. ส่วนผลิตรายการโทรทัศน์เพื่อการศึกษา (รังสิต)
- ฝ่ายผลิตรายการโทรทัศน์
- ฝ่ายเทคนิคโทรทัศน์และวิศวกรรม

5. ส่วนเทคนิคและซ่อมบำรุง
- ฝ่ายเทคนิคโทรทัศน์
- ฝ่ายเทคนิควิทยุ

6. ส่วนวิศวกรรมและพัฒนานวัตกรรมการศึกษา
- ฝ่ายวิศวกรรม
- กลุ่มงานพัฒนานวัตกรรมการศึกษา

7. ส่วนสื่อการศึกษาเพื่อคนพิการ

8. กลุ่มงานแผนและพัฒนาบุคลากร